截至2018年3月，运营中心设置13个职能部门，分别为：党群工作部、纪检监察部、综合管理部、投资管理部、股权管理部、基金管理一部、基金管理二部、城市更新部、战略协同部、计划财务部、风控审计部、法律事务部、人力资源部。